Fondata nel 1244 dal frate predicatore Pietro da Verona per contrastare il diffondersi dell’eresia patarina, la Compagnia del Bigallo svolse attività di beneficenza ed assistenza. Ebbe in particolare il controllo di numerosi ospedali per pellegrini ed ammalati, come ad esempio quello di S. Maria del Bigallo sul monte dell’Apparita.
Nel 1425 fu accorpata alla Compagnia della Misericordia, venendosi così a costituire una nuova istituzione denominata “Capitani della Misericordia e del Bigallo” con sede nel palazzo edificato nel 1351 in piazza S. Giovanni dai Capitani della Misericordia, a cui venne affidata in via esclusiva la competenza assistenziale di orfani e trovatelli. Nel 1489 le due compagnie furono separate e nel 1542 una nuova riforma voluta da Cosimo I ne modificò la struttura organizzativa, portando all’istituzione del Magistrato dei Buonuomini del Bigallo. Tutti gli ospedali del granducato, ad eccezione di quelli di beneficio ecclesiastico o appartenenti ad ordini militari, furono sottoposti al controllo di questa nuova magistratura, a cui spettava la verifica dei conti e l’eventuale disposizione delle eccedenze economiche a favore dell’assistenza agli orfani.
Per l’accoglienza di questi ultimi fu aperto anche “l’ospedale dei derelitti” con sede inizialmente nell’ospedaletto dei Broccardi e successivamente nell’antico convento di S. Caterina, ceduto al Bigallo da Lodovico Covi nel 1591.
Con Motuproprio del 1 gennaio 1776 il Granduca Pietro Leopoldo dispose la soppressione del Magistrato, affidando l’amministrazione dell’orfanotrofio e di tutto il patrimonio ad esso appartenente al Regio Commissario.
Il fondo archivistico, che comprende la documentazione relativa all’attività della magistratura fino a tale data, fu consegnato nel marzo del 1861 all’Archivio centrale di Stato (poi Archivio di Stato di Firenze), mentre un secondo versamento fu effettuato nel 1989.
L’acquisizione di beni da parte del Bigallo, in seguito a donazioni, lasciti o soppressioni di compagnie religiose e corporazioni, ha fatto si che il materiale documentario che compone il fondo sia costituito anche da nuclei archivistici di natura diversa. In generale l’inventario compilato nella prima metà del XIX sec. segnala la presenza di: testamenti diversi, contratti, chirografi originali, fondazioni di spedali, memorie, lettere, obbligazioni e ricevute e libri di amministrazione. Indica inoltre sette volumi “in folio” contenenti piante, stampe, acquerelli e disegni.
Attualmente il materiale cartografico, suddiviso in otto tomi, costituisce la serie “Piante” del fondo denominato “Compagnia poi Magistrato del Bigallo”.
Ad eccezione dei tomi 4-I e 5-I costituiti da volumi rilegati, gli altri sono costituiti da cartelle contenenti un numero variabile di tavole.

Nel fondo archivistico dell’Ospedale fiorentino di S. Maria Nuova (con documentazione compresa negli anni 1288-1890) sono conservati 14 cabrei di fattorie ospedaliere del territorio fiorentino storico che vanno dal 1577 e 1771, per un totale di 420 mappe.

Il fondo comprende 168 unità archivistiche (filze e registri), con documenti del periodo 1558-1832 relativi ai catasti precedenti al catasto geometrico-particellare lorenese di Livorno e degli altri comuni della provincia.

Il fondo comprende 19.144 unità archivistiche suddivise in 262 pezzi numerati da 1 a 262 e recanti il nome della corporazione religiosa, ciascuno dei quali comprende una o più unità. La documentazione è relativa al periodo 1004-1881.

Il fondo contiene documentazione varia dei secoli XVI-XVIII relativa al periodo del granducato mediceo. La filza 93 contiene 4 cartelle (indicate con numeri romani da I a IV) di mappe e disegni relativi a paesi e regioni italiani, mediterranei ed europei. Sono qui inserite 134 mappe che riguardano la Toscana, tutte conservate nelle cartelle III e IV.

Il fondo comprende registri e buste (364 unità) e pergamene (172) che coprono un arco temporale dal 1315 al 1939 e contiene documenti relativi alle famiglie senesi ricordate, oltre alla famiglia Petrucci.

Il fondo comprende documenti delle famiglie Piccolomini, Naldi e Bandini: 44 unità fra registri e buste, che coprono un arco temporale dal 1497 al 1808. E’ pervenuto all’archivio di Siena a partire dal 1959 (attraverso un deposito seguito da un acquisto). Contiene anche carte delle famiglie imparentate Naldi, Bensi e Santor, oltre a documenti provenienti da archivi dispersi dei Piccolomini di Modanella e dei Griffoli di Siena.

Questo fondo è costituito da un insieme di piante e disegni provenienti da fondi diversi e difficilmente collocabili; la datazione delle piante è ricavabile dalle piante stesse ove presente.

Il fondo comprende la documentazione (442 unità fra registri e buste) relativa al periodo dell’annessione della Toscana al governo francese (1808-1814).
Sono presenti anche alcune mappe di piccole dimensioni rilegate nei fascicoli, relative alle confinazioni delle comunità senesi e grossetane. In questo fondo sono stati raccolti i documenti prodotti dalla Prefettura del dipartimento dell’Ombrone e da altri pubblici uffici dell’amministrazione napoleonica.