Il fondo denominato Patrimonio dei Resti ecclesiastici copre un arco cronologico che va dal XIII al XIX secolo e comprende gli archivi delle compagnie e confraternite locali soppresse dal governo granducale nonché le carte di alcuni conventi ed enti ecclesiastici soppressi con provvedimenti speciali in epoca granducale.

Il fondo Ospedale di Santa Maria della Scala copre un arco cronologico che va dal XIII al XX secolo e fa riferimento al più grande ospedale senese. Grazie alle oblazioni dei frati e dei rettori, a donazioni di privati e ad aggregazioni di vari ospedaletti situati spesso anche al di fuori del contado senese, l’ospedale accumulò un amplissimo patrimonio immobiliare e fondiario; quest’ultimo, in particolar modo, fu organizzato in quindici fattorie dette grance. Ognuna di queste tenute, formate dall’aggregazione di poderi dati a mezzadria, pascoli e boschi, ebbe una sua amministrazione estremamente articolata e complessa.

Il fondo Quattro Conservatori copre un arco temporale cha va dal XVI al XIX secolo. Tale magistratura fu istituita nel 1561 dal granduca Cosimo I nella sua reformazione dello Stato senese con il compito di esercitare il controllo sulle comunità, comunelli e luoghi pii dello Stato. La durata del nuovo ufficio era annuale ed i conservatori erano nominati direttamente dal duca. Alla nuova magistratura spettavano funzioni legislative e giurisdizionali in materia civile, penale e parzialmente anche del danno dato. L’ufficio aveva inoltre numerose competenze nel campo della viabilità e del risanamento delle paludi.

Il fondo Comune di Chiusdino copre un arco temporale che va dal XVI al XIX secolo. Il carteggio comprende notizie relative principalmente alla comunità di Chiusdino (antico feudo dei signori di Frosini che agli inizi del XIII secolo fu assoggettato da Siena) e ad alcune comunità limitrofe (Boccheggiano, Elci, Gerfalco, Monticiano, Montieri, Travale).

La Camera di Soprintendenza Comunitativa fu istituita con il motuproprio del 1 novembre 1825, assumendo tutte le competenze dell’Uffizio dei Fossi e delle Coltivazioni, e rimase in vigore fino al 1848, quando con il motuproprio del 9 marzo fu istituita la Prefettura Granducale. Trattandosi di un ufficio amministrativo con molteplici compiti, il fondo raccoglie una vasta documentazione relativa ad istruzioni e regolamenti, rapporti, contabilità, affari dei comuni, degli ospedali, delle opere pie e di quelle ecclesiastiche, contratti e pascoli doganali. Tale materiale, che copre un arco temporale che va dal XVIII al XIX secolo, presenta molte commistioni con i fondi “Commissario della Provincia Inferiore Senese”, “Ispettore del Compartimento di Grosseto” e “Prefettura Granducale Preunitaria di Grosseto”. Numerosi sono i progetti e le cartografie prodotte dal Corpo degli Ingegneri di Acque e Strade.

L’Archivio denominato Diplomatico si configura come una raccolta divisa in 78 fondi con una documentazione che va dall’VIII al XIX secolo. In esso sono confluite sia le pergamene pervenute allo Stato in seguito alle leggi di soppressione delle corporazioni religiose, a cominciare da quelle leopoldine, sia le pergamene che appartenevano ai fondi del comune. Al nucleo più antico, che è quello delle Riformagioni, si sono affiancati quello dell’Archivio generale dei contratti e altri di numerosi uffici ed enti pubblici e di privati.

Il fondo Prefettura copre un arco temporale per lo più compreso all’interno del XIX secolo. Con decreto del 1848 il nuovo ordinamento amministrativo suddivise il Granducato in 7 compartimenti o prefetture con a capo un prefetto di nomina granducale. Quest’ultimo rappresentava il potere centrale, aveva funzioni di tutela sulle amministrazioni dei comuni e dei luoghi pii, di sorveglianza dell’ordine pubblico e risolveva inoltre ricorsi di carattere amministrativo anche a livello locale.

Questa Magistratura fu istituita nel 1592 con il nome di Uffizio patrio de’ fossi, come organo periferico dei Quattro Conservatori. Nel 1694 per ragioni di cattiva amministrazione perse la propria autonomia, riacquistandola progressivamente fra il 1741 e il 1748. In seguito, con l’istituzione della Provincia Inferiore Senese (1766), l’Ufficio subì delle trasformazioni e, riassumendo in sé i poteri esercitati dai Quattro Conservatori, dai Regolatori e dalla Rota, divenne un organismo amministrativo, politico e giudiziario con il nome di Uffizio dei Fossi e delle Coltivazioni di Grosseto. Così riformato, ancora per problemi di cattiva amministrazione, nel 1772 l’ufficio subì un parziale ridimensionamento delle funzioni. Nel 1778 il governo arrivò ad abolire il Magistrato, lasciando però in carica l’ufficio con il compito di gestire le operazioni di alienazione ed allivellazione dei beni comunali e dei pascoli da affrancare. Nel 1781, con la nomina del Ferroni alla direzione dei lavori della grande bonifica maremmana, l’ufficio fu reintegrato nelle sue funzioni. Soppresso nel 1808 dall’amministrazione francese, fu poi ricostituito nel 1814, rimanendo in carica fino al 1825, quando fu istituita la Camera di Soprintendenza Comunitativa.
Anche se sono presenti alcuni documenti risalenti al 1559, si può dire che il fondo copre essenzialmente un arco temporale che va dal XVIII al XIX sec. e raccoglie la documentazione relativa alla contabilità, alle opere pie, agli affari degli ospedali, ai lavori pubblici ed ai pascoli doganali. Sono inoltre presenti sei atlanti relativi ai Circondari di Imposizione, in cui furono suddivisi fra il 1832 e il 1833 i corsi d’acqua delle pianure di Giuncarico, Montepescali, Buriano, Gavorrano e Scarlino, al fine di garantire un’adeguata conservazione e manutenzione dei lavori di bonifica.