Questa Magistratura fu istituita nel 1592 con il nome di Uffizio patrio de’ fossi, come organo periferico dei Quattro Conservatori. Nel 1694 per ragioni di cattiva amministrazione perse la propria autonomia, riacquistandola progressivamente fra il 1741 e il 1748. In seguito, con l’istituzione della Provincia Inferiore Senese (1766), l’Ufficio subì delle trasformazioni e, riassumendo in sé i poteri esercitati dai Quattro Conservatori, dai Regolatori e dalla Rota, divenne un organismo amministrativo, politico e giudiziario con il nome di Uffizio dei Fossi e delle Coltivazioni di Grosseto. Così riformato, ancora per problemi di cattiva amministrazione, nel 1772 l’ufficio subì un parziale ridimensionamento delle funzioni. Nel 1778 il governo arrivò ad abolire il Magistrato, lasciando però in carica l’ufficio con il compito di gestire le operazioni di alienazione ed allivellazione dei beni comunali e dei pascoli da affrancare. Nel 1781, con la nomina del Ferroni alla direzione dei lavori della grande bonifica maremmana, l’ufficio fu reintegrato nelle sue funzioni. Soppresso nel 1808 dall’amministrazione francese, fu poi ricostituito nel 1814, rimanendo in carica fino al 1825, quando fu istituita la Camera di Soprintendenza Comunitativa.
Anche se sono presenti alcuni documenti risalenti al 1559, si può dire che il fondo copre essenzialmente un arco temporale che va dal XVIII al XIX sec. e raccoglie la documentazione relativa alla contabilità, alle opere pie, agli affari degli ospedali, ai lavori pubblici ed ai pascoli doganali. Sono inoltre presenti sei atlanti relativi ai Circondari di Imposizione, in cui furono suddivisi fra il 1832 e il 1833 i corsi d’acqua delle pianure di Giuncarico, Montepescali, Buriano, Gavorrano e Scarlino, al fine di garantire un’adeguata conservazione e manutenzione dei lavori di bonifica.